تأسست كلية العلوم في 27/ 3/ 1949 الموافق في 20/ جمادى الأول / 1368 بوصفها جزء من كلية الآداب والعلوم، وقد تحددت واجباتها الرئيسية بالعناية بالعلوم و الآداب الحرة من دون أن تتقيد في هدفها بتخريج (المهنيين) المتخصصين بعلوم تطبيقية (ضيقة) ، وقد أسهمت في نشوء البذرة الأولى للتعليم الجامعي العلمي الحديث في العراق و أصبح يوم تأسيس الكلية (يوم العلم) في بلادنا بجدارة و استحقاق.
ضمت الكلية في بداية تأسيسها و قيامها خمسة أقسام علمية هي أقسام (الكيمياء و الفيزياء والرياضيات و علم الحيوان و علم النبات) و في وقت لاحق ادمج قسما علم الحيوان وعلم النبات وسمي بقسم علوم الحياة.
وفي عام 1953، افتتح قسم علم الأرض (الجيولوجيا) و استقبل أول مجموعة من الطلبة في عام 1954. وفي العام 1983 تأسس قسم علوم الحاسبات كحلقة مهمة لتطوير التعليم العالي في القطر، ونظرا للأهمية الكبيرة التي تشهدها تقنية الحاسبات في العالم فقد بات هذا القسم الفتي موضع متابعة ورعاية متميزين.
و في العام 1992 و قبل استحداث دراسات أولية افتتح في الكلية معهد التقانه الإحيائية للدراسات العليا الذي يعد المعهد الوحيد الذي يعنى بهذا الميدان العلمي الحيوي سواء على مستوى البحث الأكاديمي أو في تلبية احتياجات القطاعات الأخرى.
خلال مسيرتها الطويلة نسبيا شهدت كلية العلوم تطورات علمية مهمة لعل أبرزها افتتاح أقسام جديدة مواكبه للتطور العلمي، ففي عام 1998 افتتح قسم علم الفلك تبعه افتتاح قسم التقانه الإحيائية للدراسات الأولية عام 1999، و في نفس العام أنشأت وحدة الاستشعار عن بعد، ثم تم البدء بتطبيق مشروع الدراسات العليا (الماجستير) في قسمي الرياضيات و الكيمياء، و في عام 1965 بوشر بتطبيق الأسس نفسها في قسم الفيزياء، و في عام 1966 أصبح قسم علم الأرض و علوم الحياة ضمن المخطط العام لهذا النهج، بعد ذلك استحدثت دراسة الدكتوراه في قسمي الكيمياء و علوم الحياة و ذلك في عام 1976، و من ثم قي قسم الرياضيات و علوم الأرض عام 1977، و من بعدها في قسم الفيزياء في عام 1978، وفي عام 2015 تم استحداث قسم التحسس النائي ونظم المعلومات الجغرافية حتى أصبح بإمكان المرء أن يعد كلية العلوم (أكاديمية) عليا في هذه التخصصات.
ومع هذا التوسع المعرفي و العلمي و التقني كان لابد من أن يتسع حجم الكلية و تتنوع مرافقها و منشاتها و منجزاتها لذلك فقد انتقلت الكلية من بنايتها القديمة في الأعظمية إلى مجمع جامعة بغداد في الجادرية في العام 1983 حيث تتوزع أقسام الكلية على مساحة واسعة من الأرض تشمل أبنية حديثة مصممة لأغراضها بصورة جيدة، و تحيط بها حدائق تضفي على جو العلم و العمل سمة النظام والاستقرار. و نظرا للتوسع (المعرفي) لإعداد الدارسين و الحقول المعرفية المضافة (فرعيا و تفصيليا) فقد تقرر إنشاء أبنية جديدة لقسمي الرياضيات و علوم الحاسبات.
وقد استطاعت الكلية من رفد أعداد كبيرة من الخريجين المؤهلين علميا من حمله شهادة البكالوريوس و الماجستير و الدكتوراه، و في عام 1992 أسست الكلية مكتبا استشاريا يعتبر صرحاً علمياً متقدماَ يهدف إلى تنظيم العلاقة بين الكلية و مؤسسات الدولة الأخرى لتقديم الخدمات الاستشارية والعلمية و الفنية بالمستوى العلمي العالمي المتعارف عليه. و لقد تعاقب على عمادة الكلية العديد من العمداء الذين لهم الفضل الكبير على الكلية بما استطاعوا تحقيقه من تحديث و تغيير يفيد و يتماشى مع أسلوب التطور و التحضر الذي يسود العالم.